Badan Pemeriksa Pembendaharaan Jemaat adalah suatu badan otonom dipilih oleh warga sidi, diangkat, disahkan dan ditetapkan oleh Majelis Sinode GPIB.
Fungsi BPPJ ialah mengadakan Pemeriksaan dalam rangka pengelolaan pembendaharaan jemaat GPIB Marga Mulya Yogyakarta sesuai peraturan yang berlaku:
BPPJ GPIB Marga Mulya Yogyakarta
| Ketua | Bpk. Ir. Stefanus Sukamto |
| Sekretaris | Bpk. Despaten R. Purba |
| Anggota | Bpk. Gerrit L. Prang |